Евразийский сервер публикаций

Евразийский патент № 034882

   Библиографические данные

(11) Номер патентного документа

034882

(21) Номер евразийской заявки

201691786

(22) Дата подачи евразийской заявки

2015.04.29

(51) Индексы Международной патентной классификации

C07H 21/04 (2006.01)
C12N 15/113 (2010.01)
C12N 15/115 (2010.01)

(43)(13) Дата публикации евразийской заявки, код вида документа

A1 2017.04.28 Бюллетень № 04  тит.лист, описание 

(45)(13) Дата публикации евразийского патента, код вида документа

B1 2020.04.01 Бюллетень № 04  тит.лист, описание  последовательности 
B9 2020.07.13 Бюллетень № 07  тит.лист, описание 

(31) Номер заявки, на основании которой испрашивается приоритет

61/987,396
62/151,909

(32) Дата подачи заявки, на основании которой испрашивается приоритет

2014.05.01
2015.04.23

(33) Код страны, идентифицирующий ведомство или организацию, которая присвоила номер заявки, на основании которой испрашивается приоритет

US
US

(86) Номер и дата подачи международной заявки

US2015/028327

(87) Номер и дата публикации международной заявки

2015/168310 2015.11.05

(71) Сведения о заявителе(ях)

ДЖЕРОН КОРПОРЕЙШН (US)

(72) Сведения об изобретателе(ях)

Рамия Премчандран Х. (US)

(73) Сведения о патентовладельце(ах)

ДЖЕРОН КОРПОРЕЙШН (US)

(74) Сведения о представителе(ях)
или патентном поверенном

Поликарпов А.В., Соколова М.В., Путинцев А.И., Черкас Д.А., Игнатьев А.В. (RU)

(54) Название изобретения

СПОСОБ СИНТЕЗА ПОЛИНУКЛЕОТИДА

   Формула  [ENG]
(57) 1. Способ синтеза полинуклеотида, включающий стадии:
(a) снятие защиты с защищенной 3'-аминогруппы концевого нуклеозида, присоединенного к твердофазной подложке, причем указанное снятие защиты приводит к образованию свободной 3'-аминогруппы;
(b) приведение в контакт свободной 3'-аминогруппы с димером 3'-защищенного аминодинуклеотид-фосфорамидат-5'-фосфорамидита в присутствии нуклеофильного катализатора с образованием межнуклеозидной N3'®P5' фосфорамидитной связи и
(c) окисление указанной связи.
2. Способ по п.1, дополнительно включающий:
(a) снятие защиты с защищенной 3'-аминогруппы концевого нуклеозида, присоединенного к твердофазной подложке, причем указанное снятие защиты приводит к образованию свободной 3'-аминогруппы;
(b) приведение в контакт свободной 3'-аминогруппы с мономером 3'-защищенного аминонуклеозид-5'-фосфорамидита в присутствии нуклеофильного катализатора с образованием межнуклеозидной N3'®P5' фосфорамидитной связи и
(c) окисление указанной связи.
3. Способ по любому из пп.1, 2, отличающийся тем, что окисление связи включает сульфирование с получением N3'®P5' тиофосфорамидатной связи.
4. Способ по любому из пп.1, 2, отличающийся тем, что окисление связи приводит к образованию N3'®P5' оксофосфорамидатной связи.
5. Способ по любому из пп.1-4, отличающийся тем, что димер 3'-защищенный аминодинуклеотид-фосфорамидат-5'-фосфорамидит имеет формулу
Zoom in
где X представляет собой О или S, и В1 и В2, каждый независимо, представляют собой пурин, защищенный пурин, пиримидин или защищенный пиримидин.
6. Способ по п.5, отличающийся тем, что В1 и В2, каждый независимо, выбран из защищенного аденина, защищенного цитозина, защищенного гуанина, тимина и урацила.
7. Способ по п.6, отличающийся тем, что В1 и В2, каждый независимо, выбран из A(Bz), A(DMF), C(Bz), G(изобутирила), T и U.
8. Способ по любому из пп.5-7, отличающийся тем, что X представляет собой S.
9. Способ по любому из пп.1-8, отличающийся тем, что указанный способ включает стадии:
(a) снятие защиты с защищенной 3'-аминогруппы концевого нуклеозида, присоединенного к твердофазной подложке посредством необязательной 5'-линкерной группы (L-Z), причем указанное снятие защиты приводит к образованию свободной 3'-аминогруппы;
(b) приведение в контакт свободной 3'-аминогруппы с
(i) димером 3'-защищенный аминодинуклеотид-фосфорамидат-5'-фосфорамидит или
(ii) мономером 3'-защищенный аминонуклеозид-5'-фосфорамидит;
в присутствии нуклеофильного катализатора с получением межнуклеозидной N3'®P5' фосфорамидитной связи;
(c) окисление указанной связи;
(d) повторение стадий (a)-(c) до синтеза полинуклеотида, при этом повторение стадий (a)-(c) включает осуществление стадии (b)(i) по меньшей мере один раз; и
(е) отщепление полинуклеотида от твердофазной подложки с получением полинуклеотида формулы
Zoom in
где каждый В независимо представляет собой пурин, защищенный пурин, пиримидин или защищенный пиримидин;
каждый X независимо представляет собой кислород или серу;
каждый R3 представляет собой водород, фтор или гидроксил, алкокси, замещенный алкокси или защищенный гидроксил;
L представляет собой необязательный линкер;
Z представляет собой H, липид, носитель, олигонуклеотид, ПЭГ, полипептид или обнаруживаемую метку;
R6 представляет собой амино, гидроксил, защищенную амино, защищенную гидрокси, -O-L-Z или -NH-L-Z;
R представляет собой водород, алкил, замещенный алкил, арил, замещенный арил или фосфатную защитную группу;
n равен целому числу от 1 до 1000;
или его соль,
причем алкил представляет собой одновалентные насыщенные алифатические углеводородные группы, содержащие от 1 до 10 атомов углерода,
алкокси представляет собой группу -O-алкил,
арил представляет собой одновалентную ароматическую карбоциклическую группу, состоящую из 6-18 атомов углерода,
замещенный алкил представляет собой алкил, имеющий от 1 до 5 заместителей, выбранных из группы, состоящей из алкокси, циклоалкила, циклоалкенила, ацила, ациламино, ацилокси, амино, аминоацила, аминоацилокси, оксиаминоацила, азидо, циано, галогена, гидроксила, оксо, тиокето, карбоксила, карбоксиалкила, тиоарилокси, тиогетероарилокси, тиогетероциклоокси, тиола, тиоалкокси, арила, арил­окси, гетероарила, гетероарилокси, гетероциклила, гетероциклоокси, гидроксиамино, алкоксиамино, нитро, -SO-алкила, -SO-арила, -SO-гетероарила, -SO2-алкила, -SO2-арила, -SO2-гетероарила и -NRaRb, где Ra и Rb выбраны из водорода, алкила, циклоалкила, алкенила, циклоалкенила, алкинила, арила, гетеро­арила и гетероциклической группы,
замещенный алкокси представляет собой группу замещенный алкил-O-, и
замещенный арил представляет собой арил, имеющий от 1 до 5 заместителей, выбранных из группы, состоящей из ацилокси, гидрокси, тиола, ацила, алкила, алкокси, алкенила, алкинила, циклоалкила, циклоалкенила, замещенного алкила, замещенного алкокси, амино, аминоацила, ациламино, алкарила, арила, арилокси, азидо, карбоксила, карбоксиалкила, циано, галогена, нитро, гетероарила, гетероарилокси, гетероциклила, гетероциклоокси, аминоацилокси, оксиациламино, тиоалкокси, тиоарилокси, тиогетероарилокси, -SO-алкила, -SO-арила, -SO-гетероарила, -SO2-алкила, -SO2-арила, -SO2-гетероарила и тригалогенметила.
10. Способ по п.9, отличающийся тем, что окисление указанной связи включает сульфирование с получением N3'®P5' тиофосфорамидатной связи.
11. Способ по п.9, отличающийся тем, что окисление указанной связи приводит к образованию N3'®P5' оксофосфорамидатной связи.
12. Способ по любому из пп.8-11, отличающийся тем, что полинуклеотид содержит последовательность нуклеозидных субъединиц, которая комплементарна РНК компоненту человеческой теломеразы, и при этом по меньшей мере две нуклеозидные субъединицы соединены N3'®P5' оксофосфорамидатной или N3'®P5' тиофосфорамидатной межсубъединичной связью.
13. Способ по п.12, отличающийся тем, что N3'®P5' оксофосфорамидатная или N3'®P5' тиофосфорамидатная межсубъединичная связь представляет собой N3'®P5' тиофосфорамидатную межсубъединичную связь, имеющую структуру
Zoom in
где R выбран из группы, состоящей из водорода, алкила, замещенного алкила, арила, замещенного арила и фосфатной защитной группы,
или ее соли,
причем алкил представляет собой одновалентные насыщенные алифатические углеводородные группы, содержащие от 1 до 10 атомов углерода,
арил представляет собой одновалентную ароматическую карбоциклическую группу, состоящую из 6-18 атомов углерода,
замещенный алкил представляет собой алкил, имеющий от 1 до 5 заместителей, выбранных из группы, состоящей из алкокси, циклоалкила, циклоалкенила, ацила, ациламино, ацилокси, амино, аминоацила, аминоацилокси, оксиаминоацила, азидо, циано, галогена, гидроксила, оксо, тиокето, карбоксила, карбоксиалкила, тиоарилокси, тиогетероарилокси, тиогетероциклоокси, тиола, тиоалкокси, арила, арил­окси, гетероарила, гетероарилокси, гетероциклила, гетероциклоокси, гидроксиамино, алкоксиамино, нитро, -SO-алкила, -SO-арила, -SO-гетероарила, -SO2-алкила, -SO2-арила, -SO2-гетероарила и -NRaRb, где Ra и Rb выбраны из водорода, алкила, циклоалкила, алкенила, циклоалкенила, алкинила, арила, гетеро­арила и гетероциклической группы,
замещенный арил представляет собой арил, имеющий от 1 до 5 заместителей, выбранных из группы, состоящей из ацилокси, гидрокси, тиола, ацила, алкила, алкокси, алкенила, алкинила, циклоалкила, циклоалкенила, замещенного алкила, замещенного алкокси, амино, аминоацила, ациламино, алкарила, арила, арилокси, азидо, карбоксила, карбоксиалкила, циано, галогена, нитро, гетероарила, гетероарилокси, гетероциклила, гетероциклоокси, аминоацилокси, оксиациламино, тиоалкокси, тиоарилокси, тиогетероарилокси, -SO-алкила, -SO-арила, -SO-гетероарила, -SO2-алкила, -SO2-арила, -SO2-гетероарила и тригалогенметила.
14. Способ по любому из пп.9-12, отличающийся тем, что полинуклеотид содержит последовательность Zoom in
15. Способ по п.14, отличающийся тем, что все межнуклеотидные межсубъединичные связи последовательности Zoom in представляют собой N3'®P5' оксофосфорамидатные или N3'®P5' тиофосфорамидатные межсубъединичные связи.
16. Способ по любому из пп.9-15, отличающийся тем, что полинуклеотид имеет структуру
Zoom in
или его соль;
где "nps" представляет собой тиофосфорамидатную связь -NH-P(=O)(SH)-O-, связывающую 3'-атом углерода одного нуклеозида с 5'-атомом углерода соседнего нуклеозида.
17. Способ по любому из пп.9-16, отличающийся тем, что полинуклеотид имеет структуру
Zoom in
где каждый Мх+ независимо представляет собой водород или противоион фармацевтически приемлемой соли, каждый x в Мх+ независимо равен 1, 2 или 3, а n равен целому числу от 5 до 13.
18. Способ по п.17, отличающийся тем, что полинуклеотид имеет структуру
Zoom in
19. Способ по п.14, отличающийся тем, что C11 нуклеотидный остаток последовательности TAGGGTTAGACAA получен из мономера 3'-защищенный аминонуклеозид-5'-фосфорамидит.
20. Способ по п.14, отличающийся тем, что указанный способ включает последовательное связывание следующих димеров: 3'-защищенный аминодинуклеотид-тиофосфорамидат-5'-фосфорамидит, ТА, GG, GT, ТА, GA и АА и мономера 3'-защищенный аминонуклеозид-5'-фосфорамидит, С, с твердофазной подложкой.
21. Способ по любому из пп.1-5, отличающийся тем, что димер 3'-защищенный аминодинуклеотид-фосфорамидит-5'-фосфорамидит описан формулой Х1Х2, где X1 и X2, каждый независимо, выбран из защищенного аденина, защищенного цитозина, защищенного гуанина, тимина и урацила.
22. Способ по п.1, отличающийся тем, что димер 3'-защищенный аминонуклеозид-5'-фосфорамидит выбран из защищенного аденина, защищенного цитозина, защищенного гуанина, тимина и урацила.
23. Динуклеотидное тиофосфорамидатное соединение, описанное формулой (II)
Zoom in
где В1 и В2, каждый независимо, представляет собой пурин, защищенный пурин, пиримидин или защищенный пиримидин;
R11 представляет собой фосфорамидитную группу и
R12 и R13, каждый независимо, представляет собой защитную группу;
или его соль.
24. Соединение по п.23, отличающееся тем, что В1 и В2, каждый независимо, выбран из защищенного аденина, защищенного цитозина, защищенного гуанина, тимина и урацила.
25. Соединение по п.24, отличающееся тем, что В1 и В2, каждый независимо, выбран из A(Bz), A(DMF), C(Bz), G(изобутирил), T и U.
26. Соединение по п.25, отличающееся тем, что В1 представляет собой A(Bz) или A(DMF), а В2 представляет собой A(Bz) или A(DMF).
27. Соединение по п.25, отличающееся тем, что В1 представляет собой A(Bz) или A(DMF), а В2 представляет собой C(Bz).
28. Соединение по п.25, отличающееся тем, что В1 представляет собой A(Bz) или A(DMF), а В2 представляет собой G(изобутирил).
29. Соединение по п.25, отличающееся тем, что В1 представляет собой A(Bz) или A(DMF), а В2 представляет собой Т.
30. Соединение по п.25, отличающееся тем, что В1 представляет собой A(Bz) или A(DMF), а В2 представляет собой U.
31. Соединение по п.25, отличающееся тем, что В1 представляет собой C(Bz), а В2 представляет собой A(Bz) или A(DMF).
32. Соединение по п.25, отличающееся тем, что В1 представляет собой C(Bz), а В2 представляет собой C(Bz).
33. Соединение по п.25, отличающееся тем, что В1 представляет собой C(Bz), а В2 представляет собой G(изобутирил).
34. Соединение по п.25, отличающееся тем, что В1 представляет собой C(Bz), а В2 представляет собой Т.
35. Соединение по п.25, отличающееся тем, что В1 представляет собой C(Bz), а В2 представляет собой U.
36. Соединение по п.25, отличающееся тем, что В1 представляет собой G(изобутирил), а В2 представляет собой A(Bz) или A(DMF).
37. Соединение по п.25, отличающееся тем, что В1 представляет собой G(изобутирил), а В2 представляет собой C(Bz).
38. Соединение по п.25, отличающееся тем, что В1 представляет собой G(изобутирил), а В2 представляет собой G(изобутирил).
39. Соединение по п.25, отличающееся тем, что В1 представляет собой G(изобутирил), а В2 представляет собой Т.
40. Соединение по п.25, отличающееся тем, что В1 представляет собой G(изобутирил), а В2 представляет собой U.
41. Соединение по п.25, отличающееся тем, что В1 представляет собой T или U, а В2 представляет собой A(Bz) или A(DMF).
42. Соединение по п.25, отличающееся тем, что В1 представляет собой T или U, а В2 представляет собой C(Bz).
43. Соединение по п.25, отличающееся тем, что В1 представляет собой T или U, а В2 представляет собой G(изобутирил).
44. Соединение по п.25, отличающееся тем, что В1 представляет собой T или U, а В2 представляет собой Т.
45. Соединение по п.25, отличающееся тем, что В1 представляет собой T или U, а В2 представляет собой U.


 
   Публикации документа
Раздел бюллетеня

Бюллетень,
дата публикации

Содержание публикации

TH4A
Переиздание описаний изобретений к евразийским патентам
(внесенные исправления)

2020-07
2020.07.13

Следует читать: (57) ...
7. Способ по п.6, отличающийся тем, что В1 и В2, каждый независимо, выбран из A(Bz), A(DMF), C(Bz), G(изобутирила), T и U.


 
Назад|  Новый поиск