Евразийский сервер публикаций

Евразийский патент № 037850

   Библиографические данные
(11)037850    (13) B1
(21)201600226

 A ]   B ]   C ]   D ]   E ]   F ]   G ]   H ] 

Текущий раздел: A     


Документ опубликован 2021.05.27
Текущий бюллетень: 2021-05  
Все публикации: 037850  
Реестр евразийского патента: 037850  

(22)2014.08.29
(51) A61K 48/00 (2006.01)
A61P 31/12 (2006.01)
A61P 31/00(2006.01)
(43)A1 2016.09.30 Бюллетень № 09  тит.лист, описание 
(45)B1 2021.05.27 Бюллетень № 05  тит.лист, описание  последовательности 
(31)61/871,626; 62/018,441; 62/026,103
(32)2013.08.29; 2014.06.27; 2014.07.18
(33)US; US; US
(86)US2014/053441
(87)2015/031775 2015.03.05
(71)ТЭМПЛ ЮНИВЕРСИТИ ОФ ЗЕ КОММОНВЭЛС СИСТЕМ ОФ ХАЙЕ ЭДЬЮКЕЙШН (US)
(72)Халили Камел, Ху Вэньхуэй (US)
(73)ТЭМПЛ ЮНИВЕРСИТИ ОФ ЗЕ КОММОНВЭЛС СИСТЕМ ОФ ХАЙЕ ЭДЬЮКЕЙШН (US)
(74)Кузнецова С.А. (RU)
(54)СПОСОБЫ И КОМПОЗИЦИИ ДЛЯ РНК-НАПРАВЛЕННОГО ЛЕЧЕНИЯ ВИЧ-ИНФЕКЦИИ
   Формула 
(57) 1. Способ удаления всей или практически всей лентивирусной последовательности, при этом способ включает приведение клетки в контакт с:
a) Cas9 эндонуклеазой, ассоциированной с короткими палиндромными повторами, регулярно расположенными группами (CRISPR), или последовательностью нуклеиновой кислоты, кодирующей CRISPR-ассоциированную Cas9 эндонуклеазу;
b) первой направляющей РНК или нуклеиновой кислотой, кодирующей первую направляющую РНК, причем первая направляющая РНК комплементарна первой целевой последовательности нуклеиновой кислоты в пределах 5'-длинного концевого повтора (LTR) лентивирусной последовательности; и
c) второй направляющей РНК или нуклеиновой кислотой, кодирующей вторую направляющую РНК, причем вторая направляющая РНК комплементарна второй целевой последовательности нуклеиновой кислоты в пределах 3'-длинного концевого повтора (LTR) лентивирусной последовательности,
где клетку приводят в контакт по меньшей мере с двумя разными направляющими РНК и где способ позволяет удалить из клетки всю или практически всю лентивирусную последовательность.
2. Способ по п.1, где лентивирусная последовательность выбрана из группы, включающей вирус иммунодефицита человека, вирус иммунодефицита обезьян, вирус иммунодефицита кошачьих и вирус иммунодефицита крупного рогатого скота.
3. Способ по п.2, где вирус иммунодефицита человека (ВИЧ) представляет собой ВИЧ-1 или ВИЧ-2.
4. Способ по любому из пп.2, 3, где ВИЧ интегрирован в клетку.
5. Способ по любому из пп.1-4, где клетка представляет собой клетку, латентно инфицированную ВИЧ.
6. Способ по п.5, где латентно инфицированная клетка представляет собой CD4+ Т-клетку, макрофаг, моноцит, клетку лимфоидной ткани кишечника, клетку микроглии или астроцит.
7. Способ по любому из пп.1-6, где последовательность CRISPR-ассоциированной Cas9 эндонуклеазы оптимизирована для экспрессии в клетке человека.
8. Способ по любому из пп.1-7, где первая целевая последовательность нуклеиновой кислоты находится в пределах участков U3, R или U5 5'-LTR.
9. Способ по любому из пп.1-8, где первая направляющая РНК содержит последовательность, которая по меньшей мере на 95% идентична последовательности, комплементарной последовательности, выбранной из группы, включающей LTR A (SEQ ID NO: 96), LTR В (SEQ ID NO: 121), LTR С (SEQ ID NO: 87), LTR D (SEQ ID NO: 110) и их комбинацию.
10. Способ по любому из пп.1-9, где первая направляющая РНК содержит последовательность, выбранную из группы, включающей LTR A (SEQ ID NO: 96), LTR В (SEQ ID NO: 121), LTR С (SEQ ID NO: 87), LTR D (SEQ ID NO: 110) и их комбинацию.
11. Способ по любому из пп.1-10, где вторая целевая последовательность нуклеиновой кислоты находится в пределах участков U3, R или U5 LTR.
12. Способ по любому из пп.1-11, где вторая направляющая РНК содержит последовательность, характеризующуюся 95% идентичностью с последовательностью, выбранной из группы, включающей LTR A (SEQ ID NO: 96), LTR В (SEQ ID NO: 121), LTR С (SEQ ID NO: 87), LTR D (SEQ ID NO: 110) и их комбинацию.
13. Способ по любому из пп.1-12, где вторая направляющая РНК содержит последовательность, выбранную из группы, включающей LTR A (SEQ ID NO: 96), LTR В (SEQ ID NO: 121), LTR С (SEQ ID NO: 87), LTR D (SEQ ID NO: 110) и их комбинацию.
14. Способ по любому из пп.1-13, где клетку дополнительно приводят в контакт с последовательностью нуклеиновой кислоты, кодирующей трансактивирующую малую РНК (tracrRNA).
15. Способ по п.14, где последовательность нуклеиновой кислоты трансактивирующей малой РНК (tracrRNA) слита с последовательностью первой направляющей РНК, последовательностью второй направляющей РНК или с обеими указанными последовательностями.
16. Способ по любому из пп.1-15, дополнительно включающий последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую сигнал ядерной локализации.
17. Способ по любому из пп.1-16, где первая направляющая РНК и вторая направляющая РНК содержатся в одном и том же векторе экспрессии.
18. Способ по п.17, где вектор экспрессии представляет собой лентивирусный вектор, аденовирусный вектор или вектор на основе аденоассоциированного вируса.
19. Способ лечения инфекции, вызванной вирусом иммунодефицита человека (ВИЧ), при этом способ включает приведение клетки в контакт с:
a) CRISPR-ассоциированной Cas9 эндонуклеазой или последовательностью нуклеиновой кислоты, кодирующей CRISPR-ассоциированную Cas9 эндонуклеазу;
b) первой направляющей РНК или нуклеиновой кислотой, кодирующей первую направляющую РНК, причем первая направляющая РНК комплементарна первой целевой последовательности нуклеиновой кислоты в пределах 5'-длинного концевого повтора (LTR) последовательности ВИЧ; и
c) второй направляющей РНК или нуклеиновой кислотой, кодирующей вторую направляющую РНК, причем вторая направляющая РНК комплементарна второй целевой последовательности нуклеиновой кислоты в пределах 3'-длинного концевого повтора (LTR) последовательности вируса иммунодефицита человека, причем клетку приводят в контакт по меньшей мере с двумя разными направляющими РНК.
20. Способ лечения инфекции, вызванной вирусом иммунодефицита человека, при этом способ включает приведение клетки в контакт с:
a) CRISPR-ассоциированной Cas9 эндонуклеазой или нуклеиновой кислотой, кодирующей CRISPR-ассоциированную Cas9 эндонуклеазу;
b) первой направляющей РНК или нуклеиновой кислотой, кодирующей первую направляющую РНК, причем первая направляющая РНК комплементарна первой целевой последовательности нуклеиновой кислоты в пределах 5'-LTR последовательности вируса иммунодефицита человека; и
с) второй направляющей РНК или нуклеиновой кислотой, кодирующей вторую направляющую РНК, причем вторая направляющая РНК комплементарна второй целевой последовательности нуклеиновой кислоты в пределах 3'-LTR последовательности вируса иммунодефицита человека, где первая направляющая РНК или вторая направляющая РНК содержит последовательность, выбранную из группы, состоящей из LTR A (SEQ ID NO: 96), LTR В (SEQ ID NO: 121), LTR С (SEQ ID NO: 87), LTR D (SEQ ID NO: 110) или их комбинацию, и
где способ приводит к вырезанию генома вируса иммунодефицита человека из клетки.
21. Нуклеиновая кислота, кодирующая:
(а) CRISPR-ассоциированную Cas9 эндонуклеазу;
(b) первую направляющую РНК, при этом первая направляющая РНК комплементарна первой целевой последовательности нуклеиновой кислоты в пределах 5'-LTR последовательности вируса иммунодефицита человека; и
(c) вторую направляющую РНК, при этом вторая направляющая РНК комплементарна второй целевой последовательности нуклеиновой кислоты в пределах 3'-LTR последовательности вируса иммунодефицита человека, при этом нуклеиновая кислота содержит по меньшей мере две разные направляющие РНК и при этом первая направляющая РНК или вторая направляющая РНК выбрана из группы, включающей LTR A (SEQ ID NO: 96), LTR В (SEQ ID NO: 121), LTR С (SEQ ID NO: 87), LTR D (SEQ ID NO: 110) и их комбинации.
22. Нуклеиновая кислота по п.21, где вирус иммунодефицита человека представляет собой ВИЧ-1 или ВИЧ-2.
23. Нуклеиновая кислота по любому из пп.21, 22, где последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующей CRISPR-ассоциированную Cas9 эндонуклеазу, оптимизирована для экспрессии в клетке человека.
24. Нуклеиновая кислота по любому из пп.21-23, дополнительно содержащая последовательность, кодирующую трансактивирующую малую РНК (tracrRNA).
25. Нуклеиновая кислота по п.24, где последовательность трансактивирующей малой РНК (tracrRNA) слита с последовательностью первой направляющей РНК, последовательностью второй направляющей РНК или с обеими указанными последовательностями.
26. Нуклеиновая кислота по любому из пп.21-25, дополнительно содержащая последовательность, кодирующую сигнал ядерной локализации.
27. Вектор экспрессии, содержащий последовательность нуклеиновой кислоты по любому из пп.21-26.
28. Вектор экспрессии по п.27, где вектор экспрессии представляет собой лентивирусный вектор, аденовирусный вектор или вектор на основе аденоассоциированного вируса.
29. Клетка-хозяин, содержащая вектор экспрессии по любому из пп.27, 28.
30. Фармацевтическая композиция, содержащая:
a) нуклеиновую кислоту, содержащую:
(i) первую последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую эндонуклеазу, ассоциированную с короткими палиндромными повторами, регулярно расположенными группами (CRISPR);
(ii) вторую последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую первую направляющую РНК, причем первая направляющая РНК комплементарна первой целевой последовательности нуклеиновой кислоты в пределах 5'-LTR последовательности вируса иммунодефицита человека (ВИЧ);
(iii) третью последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую вторую направляющую РНК, при этом вторая направляющая РНК комплементарна второй целевой последовательности нуклеиновой кислоты в пределах 3'-LTR последовательности ВИЧ,
при этом нуклеиновая кислота содержит по меньшей мере две разные направляющие РНК; и
b) фармацевтически приемлемое формообразующее.
31. Фармацевтическая композиция по п.30, где фармацевтически приемлемое формообразующее включает липидный или полимерный коллоид.
32. Фармацевтическая композиция по п.31, где коллоид представляет собой липосому, гидрогель, микрочастицу, наночастицу или мицеллу блок-сополимера.
33. Фармацевтическая композиция по любому из пп.30-32, где фармацевтическая композиция составлена для местного применения.
34. Фармацевтическая композиция по любому из пп.31-33, в которой первая целевая последовательность нуклеиновой кислоты находится в пределах участков U3, R или U5 LTR.
35. Фармацевтическая композиция по любому из пп.31-34, в которой вторая целевая последовательность нуклеиновой кислоты находится в пределах участков U3, R или U5 LTR.
36. Фармацевтическая композиция по любому из пп.31-35, в которой первая направляющая РНК содержит последовательность, которая по меньшей мере на 95% идентична последовательности, выбранной из группы, включающей LTR A (SEQ ID NO: 96), LTR В (SEQ ID NO: 121), LTR С (SEQ ID NO: 87), LTR D (SEQ ID NO: 110) и их комбинацию.
37. Фармацевтическая композиция по любому из пп.31-36, в которой вторая направляющая РНК содержит последовательность, по меньшей мере на 95% идентичную последовательности, которая комплементарна последовательности, выбранной из группы, включающей LTR A (SEQ ID NO: 96), LTR В (SEQ ID NO: 121), LTR С (SEQ ID NO: 87), LTR D (SEQ ID NO: 110) и их комбинацию.
38. Фармацевтическая композиция по любому из пп.31-37, в которой первая направляющая РНК содержит последовательность, выбранную из группы, включающей LTR A (SEQ ID NO: 96), LTR В (SEQ ID NO: 121), LTR С (SEQ ID NO: 87), LTR D (SEQ ID NO: 110) и их комбинацию.
39. Фармацевтическая композиция по любому из пп.31-38, в которой вторая направляющая РНК содержит последовательность, выбранную из группы, включающей LTR A (SEQ ID NO: 96), LTR В (SEQ ID NO: 121), LTR С (SEQ ID NO: 87), LTR D (SEQ ID NO: 110) и их комбинацию.
40. Фармацевтическая композиция по любому из пп.31-39, где фармацевтическая композиция составлена для парентерального введения.
41. Способ по любому из пп.19, 20, где способ приводит к вырезанию последовательности ВИЧ из генома клетки.