Евразийский сервер публикаций

Евразийский патент № 037740

   Библиографические данные
(11)037740    (13) B1
(21)201792155

 A ]   B ]   C ]   D ]   E ]   F ]   G ]   H ] 

Текущий раздел: C     


Документ опубликован 2021.05.17
Текущий бюллетень: 2021-05  
Все публикации: 037740  
Реестр евразийского патента: 037740  

(22)2016.03.25
(51) C12Q 1/68 (2006.01)
C12Q 1/70(2006.01)
(43)A1 2018.04.30 Бюллетень № 04  тит.лист, описание 
(45)B1 2021.05.17 Бюллетень № 05  тит.лист, описание  последовательности 
(31)62/139,321
(32)2015.03.27
(33)US
(86)US2016/024216
(87)2016/160572 2016.10.06
(71)РИДЖЕНЕРОН ФАРМАСЬЮТИКАЛЗ, ИНК. (US)
(72)Монпехо Сердж, Минк Шелдон, Вескио Пол (US)
(73)РИДЖЕНЕРОН ФАРМАСЬЮТИКАЛЗ, ИНК. (US)
(74)Медведев В.Н. (RU)
(54)КОМПОЗИЦИИ И СПОСОБЫ ДЕТЕКТИРОВАНИЯ БИОЛОГИЧЕСКОГО ЗАГРЯЗНИТЕЛЯ
   Формула 
(57) 1. Плазмида позитивного контроля амплификации (РАС), содержащая искусственную специфическую для плазмиды последовательность (APS) и последовательность полинуклеотида амплификации мишени (ТАР), где указанная ТАР содержит консервативную последовательность белка-инициатора репликации (NS1) парвовируса грызунов и где указанная APS содержит последовательность из 17-20 нуклеотидов, где не более чем 7-10 внутренних последовательных нуклеотидов APS и не более чем 6 3'-нуклеотидов APS идентичны любой из парвовирусных последовательностей, представленных SEQ ID NO: 9 и 12-37.
2. РАС по п.1, где указанная APS содержит SEQ ID NO: 10.
3. РАС по п.1, где указанная ТАР содержит NS-1 нуклеотидную последовательность, которая по меньшей мере на 88% идентична любой из SEQ ID NO: 12-24.
4. РАС по п.1, дополнительно содержащая нуклеотидную последовательность контроля экстракции нуклеиновой кислоты (NEC), где указанная NEC содержит нуклеотидную последовательность бактериофага М13.
5. РАС по п.4, где указанная нуклеотидная последовательность бактериофага М13 представляет собой нуклеотидную последовательность М13К07.
6. РАС по п.5, где указанная нуклеотидная последовательность М13К07 содержит SEQ ID NO: 8.
7. РАС по п.1, содержащая последовательности, которые гибридизуются с прямым праймером и обратным праймером, где прямой праймер и обратный праймер могут амплифицировать ТАР и APS при полимеразной цепной реакции.
8. РАС по п.7, где указанный прямой праймер содержит SEQ ID NO: 1 и указанный обратный праймер содержит SEQ ID NO: 4.
9. РАС по п.5, дополнительно содержащая М13 олигонуклеотидные праймеры.
10. РАС по п.9, где указанные М13 олигонуклеотидные праймеры включают М13 прямой олигонуклеотидный праймер и М13 обратный олигонуклеотидный праймер.
11. РАС по п.1, содержащий последовательность SEQ ID NO: 11.
12. Способ выявления биологического загрязнителя в тестируемом образце, включающий стадии:
a) смешивания компонентов для получения реакционной смеси, где компоненты включают (i) образец нуклеиновой кислоты, выделенный из тестируемого образца, (ii) олигонуклеотиды, (iii) ДНК полимеразу, где олигонуклеотиды включают:
прямой олигонуклеотидный праймер, специфичный относительно амплификации последовательности полинуклеотида амплификации мишени (ТАР) биологического загрязнителя;
обратный олигонуклеотидный праймер, специфичный относительно амплификации последовательности ТАР биологического загрязнителя;
олигонуклеотидный зонд детектирования специфичный относительно последовательности ТАР биологического загрязнителя;
искусственный зонд детектирования (ADP) для полинуклеотидной последовательности контроля амплификации плазмиды (РАСР), где последовательность является плазмидой позитивного контроля амплификации (РАС), причем плазмида содержит последовательность ТАР и последовательность РАСР; и
набор из праймеров и зонда для выявления полинуклеотидов контроля экстракции нуклеиновой кислоты (NACP);
b) осуществления цепной полимеразной реакций (ПЦР) с реакционной смесью;
c) осуществления мониторинга продуцирования (i) TAP, (ii) полинуклеотидов контроля экстракции нуклеиновой кислоты (NACP) и РАСР в течение ПЦР; и
d) сравнения продуцирования ТАР, NACP и РАСР, где присутствие только ТАР и NACP, продуцируемых в течение ПЦР, указывает на то, что тестируемый образец содержит биологический загрязнитель и не содержит плазмиду позитивного контроля амплификации,
где отдельную параллельную ПЦР реакцию положительного контроля проводят при идентичных параметрах и указанная реакция включает плазмиду РАС вместо образца нуклеиновой кислоты, выделенного из тестируемого образца,
где присутствие всех из ТАР, NACP и РАСР, продуцируемых в течение ПЦР реакции положительного контроля, указывает на то, что ПЦР реакция положительного контроля осуществляется надлежащим образом.
13. Способ по п.12, где тестируемый образец снабжен М13К07 фагом.
14. Способ по п.12, где указанный ADP дополнительно содержит по меньшей мере один флуорофор и по меньшей мере один гаситель.
15. Способ по п.14, в котором указанный флуорофор выбран из группы флуорофоров, имеющих длину волны возбуждения между 495 нм и 680 нм, включительно, и длину волны испускания между 515 нм и 710 нм, включительно.
16. Способ по любому из пп.12-15, где указанный NACP представляет собой полинуклеотид М13 бактериофага.
17. Способ по п.16, где последовательность указанного полинуклеотида М13 бактериофага содержит SEQ ID NO: 8.
18. Способ по п.12, где олигонуклеотидный зонд детектирования специфичный к NACP содержит цианиновый краситель, имеющий максимум поглощения около 650 нм и максимум испускания около 670 нм.
19. Способ по п.12, где указанный ТАР зонд детектирования дополнительно содержит по меньшей мере один флуорофор и по меньшей мере один гаситель.
20. Способ по п.19, в котором мониторинг продукции ТАР осуществляют при от примерно 533 нм до примерно 580 нм.
21. Способ по любому из пп.12-20, включающий проведение идентичной ПЦР реакции негативного контроля, где негативный контроль не включает тестируемый образец и где, если продуцируются ТАР и РАСР при реакции негативного контроля, можно сделать вывод, что реагенты ПЦР загрязнены плазмидой РАС, если продуцируются ТАР, но не РАСР, можно сделать вывод, что реагенты ПЦР загрязнены парвовирусом, если при реакции негативного контроля не выявляется продуцирование как ТАР, так РАСР, при реакции положительного контроля выявляется продуцирование ТАР и РАСР, и при реакции с тестируемым образцом выявляется продуцирование ТАР и необязательно NACP, и не выявляется продуцирование РАСР, тестируемый образец является загрязненным.