Евразийский сервер публикаций

Евразийский патент № 037029

   Библиографические данные
(11)037029    (13) B1
(21)201691975

 A ]   B ]   C ]   D ]   E ]   F ]   G ]   H ] 

Текущий раздел: C     


Документ опубликован 2021.01.28
Текущий бюллетень: 2021-01  
Все публикации: 037029  
Реестр евразийского патента: 037029  

(22)2015.03.27
(51) C12Q 1/68 (2006.01)
C12N 15/09 (2006.01)
G01N 33/542(2006.01)
(43)A1 2017.02.28 Бюллетень № 02  тит.лист, описание 
(45)B1 2021.01.28 Бюллетень № 01  тит.лист, описание  последовательности 
(31)2014-072280
(32)2014.03.31
(33)JP
(86)JP2015/059550
(87)2015/152024 2015.10.08
(71)КАБУСИКИ КАЙСЯ ДиЭнЭйФОРМ (JP)
(72)Ханами Такеси, Хайясизаки Йосихиде, Сома Такахиро, Кимура Ясумаса (JP)
(73)КАБУСИКИ КАЙСЯ ДиЭнЭйФОРМ (JP)
(74)Медведев В.Н. (RU)
(54)ФЛУОРЕСЦЕНТНО МЕЧЕННАЯ ОДНОЦЕПОЧЕЧНАЯ НУКЛЕИНОВАЯ КИСЛОТА И ЕЕ ПРИМЕНЕНИЕ
   Формула 
(57) 1. Меченая одноцепочечная нуклеиновая кислота, содержащая по меньшей мере две пары флуоресцентных атомных групп, проявляющих экситонный эффект, где
длина волны пика излучения одной из пар флуоресцентных атомных групп (далее в настоящем документе обозначаемой как пара флуоресцентных атомных групп A) короче, чем длина волны пика возбуждения другой пары флуоресцентных атомных групп (далее в настоящем документе обозначаемой как пара флуоресцентных атомных групп B),
расстояние между парами флуоресцентных атомных групп A и B составляет от 1 до 5 оснований, и
пары флуоресцентных атомных групп A и B проявляют эффект резонансного ферстеровского переноса энергии (FRET),
где основание, обладающее парой флуоресцентных атомных групп, проявляющих экситонный эффект, обладает структурой, представленной следующими формулами (16), (16b), (17) или (17b):
Zoom in
Zoom in
где в формулах (16), (16b), (17) и (17b) В представляет собой атомную группу, обладающую каркасом из природных нуклеиновых оснований (аденина, гуанина, цитозина, тимина или урацила) или каркасом из искусственных нуклеиновых оснований,
E представляет собой:
(i) атомную группу, обладающую каркасом из дезоксирибозы или каркасом из рибозы; или
(ii) атомную группу, обладающую пептидной структурой или пептоидной структурой,
каждая из Z11 и Z12 представляет собой флуоресцентную атомную группу, проявляющую экситонный эффект, и они могут являться идентичными или отличными друг от друга,
каждый из L1, L2 и L3 представляет собой линкер (связывающий атом или связывающую атомную группу), каждый обладает количеством атомов главной цепи в диапазоне от 2 до 100, каждый может содержать или не содержать каждый из C, N, O, S, P и Si в главной цепи, каждый может содержать или не содержать каждую из одинарной связи, двойной связи, тройной связи, амидной связи, сложноэфирной связи, дисульфидной связи, иминогруппы, эфирной связи, тиоэфирной связи и сложной тиоэфирной связи в главной цепи, и они могут являться идентичными или отличными друг от друга,
D представляет собой CR, N, P, P=O, B или SiR, где R представляет собой атом водорода, и
b представляет собой одинарную связь, двойную связь или тройную связь,
или альтернативно,
в формулах (16) и (16b) каждый из L1 и L2 представляет собой линкер, L3, D и b могут не присутствовать, и L1 и L2 могут являться связанными напрямую с В при условии, что
в формулах (16) и (17) E представляет собой атомную группу, описанную в п.(i), и по меньшей мере один атом O в связи фосфорной кислоты может быть замещен на атом S;
в формулах (16b) и (17b) E представляет собой атомную группу, описанную в п.(ii); и
в формулах (17) и (17b) соответствующие B могут являться идентичными или отличными друг от друга, и соответствующие E могут являться идентичными или отличными друг от друга.
2. Меченая одноцепочечная нуклеиновая кислота по п. 1, где
структура, представленная формулой (16), представляет собой структуру, представленную следующей формулой (16-1) или (16-2),
структура, представленная формулой (16b), представляет собой структуру, представленную следующей формулой (16b-1) или (16b-2),
структура, представленная формулой (17), представляет собой структуру, представленную следующей формулой (17-1), и
структура, представленная формулой (17b), представляет собой структуру, представленную следующей формулой (17b-1):
Zoom in
Zoom in
Zoom in
где в формулах (16-1), (16-2), (16b-1), (16b-2), (17-1) и (17b-1) l, m и n представляют собой любые положительные целые числа, они могут являться идентичными или отличными друг от друга, каждый из C, N, O, S, P и Si может содержаться или не содержаться в главной цепи каждой из формул и каждая из одинарной связи, двойной связи, тройной связи, амидной связи, сложноэфирной связи, дисульфидной связи, иминогруппы, эфирной связи, тиоэфирной связи и сложной тиоэфирной связи может содержаться или не содержаться в главной цепи каждой из формул,
B, E, Z11, Z12 и b являются идентичными присутствующим в формулах (16), (16b), (17) и (17b), и
в формулах (16-1), (16-2) и (17-1) по меньшей мере один атом O в связи фосфорной кислоты может быть замещен на атом S.
3. Меченая одноцепочечная нуклеиновая кислота по п.2, где основание, обладающее парой флуоресцентных атомных групп, проявляющих экситонный эффект, обладает структурой, представленной формулой (16).
4. Меченая одноцепочечная нуклеиновая кислота по п.2 или 3, где каждая из Z11 и Z12 независимо представляет собой атомную группу, представленную любой из следующих формул (7)-(10):
Zoom in
Zoom in
где в формулах (7)-(9) X1 и X2 представляют собой S или O,
n представляет собой 0 или положительное целое число,
каждый из R1-R10 и R13-R21 независимо представляет собой атом водорода, атом галогена, низшую алкильную группу с углеродным числом от 1 до 6, низшую алкоксигруппу с углеродным числом от 1 до 6, нитрогруппу или аминогруппу,
один из R11 и R12 представляет собой связывающую группу для связывания с L1 или L2 в формулах (16), (17), (16b) и (17b), и другой представляет собой атом водорода или низшую алкильную группу с углеродным числом от 1 до 6,
когда множество R15 присутствуют в формуле (7), (8) или (9), они могут являться идентичными или отличными друг от друга,
когда множество R16 присутствуют в формуле (7), (8), или (9), они могут являться идентичными или отличными друг от друга, и
X1, X2, и R1-R21 в Z11, и X1, X2, и R1-R21 в Z12 могут являться идентичными или отличными друг от друга, соответственно, и
когда в формуле (10) E представляет собой S или O,
каждый из R2-R12 независимо представляет собой атом водорода, атом галогена, низшую алкильную группу с углеродным числом от 1 до 6, низшую алкоксигруппу с углеродным числом от 1 до 6, нитрогруппу или аминогруппу,
R1 представляет собой связывающую группу для связывания с L1 или L2 в формулах (16), (17), (16b) и (17b),
когда множество R3 присутствуют в формуле (10), они могут являться идентичными или отличными друг от друга, и
когда множество R4 присутствуют в формуле (10), они могут являться идентичными или отличными друг от друга.
5. Меченая одноцепочечная нуклеиновая кислота по п.4, где
каждая из Z11 и Z12 независимо представляет собой атомную группу, представленную формулой (7) или (8), и
каждая из Z11 и Z12, представленных формулой (7) или (8), представляет собой группу, представленную следующей формулой (19) или (20):
Zoom in
где в формулах (19) и (20) X1, R1-R10, R13 и R14, R11 и R12 являются идентичными присутствующим в формулах (7)-(9).
6. Меченая одноцепочечная нуклеиновая кислота по любому из пп.1-5, используемая в качестве праймера для амплификации нуклеиновой кислоты-мишени или зонда для гибридизации с нуклеиновой кислотой-мишенью.
7. Способ детекции нуклеиновой кислоты-мишени, включающий в себя измерение флуоресценции в условиях, когда меченая одноцепочечная нуклеиновая кислота по любому из пп.1-5 в качестве зонда является способной гибридизоваться с нуклеиновой кислотой-мишенью, для определения присутствия или отсутствия гибридизации нуклеиновой кислоты-мишени с зондом.
8. Способ амплификации нуклеиновой кислоты-мишени, включающий в себя амплификацию нуклеиновой кислоты-мишени с использованием меченой одноцепочечной нуклеиновой кислоты по любому из пп.1-5 в качестве праймера.