Бюллетень ЕАПВ "Изобретения (евразийские заявки и патенты)"
Бюллетень 11´2017

  

(11) 

028354 (13) B1       Разделы: A B C D E F G H    

(21) 

201600315

(22) 

2014.07.24

(51) 

C12Q 1/68 (2006.01)
C12N 15/11
(2006.01)
C12R 1/32
(2006.01)

(31) 

2013155216

(32) 

2013.12.12

(33) 

RU

(43) 

2016.08.31

(86) 

PCT/RU2014/000559

(87) 

WO 2015/088384 2015.06.18

(71) 

(73) АВТОНОМНАЯ НЕКОММЕРЧЕСКАЯ ОРГАНИЗАЦИЯ "НАУЧНО-ИССЛЕДОВА­ТЕЛЬСКИЙ ЦЕНТР БИОТЕХНОЛОГИИ АНТИБИОТИКОВ И ДРУГИХ БИОЛОГИЧЕСКИ АКТИВНЫХ ВЕЩЕСТВ "БИОАН" (RU)

(72) 

Алексеева Мария Георгиевна, Даниленко Валерий Николаевич, Зайчикова Марина Викторовна, Захаревич Наталья Владимировна (RU)

(74) 

Ефимов И.Д. (RU)

(54) 

ИСПОЛЬЗОВАНИЕ ГЕНОВ СИСТЕМ ТОКСИН-АНТИТОКСИН II ТИПА ДЛЯ ГЕНОТИПИРОВАНИЯ ШТАММОВ MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS

(57) Способ генотипирования штаммов Mycobacterium tuberculosis, основанный на однонуклеотидном полиморфизме функциональных регуляторных генов систем токсин-антитоксин II типа суперсемейств VapBC, HigAB и MazEF и характеризующийся тем, что для идентификации проводят амплификацию с геномной ДНК с использованием набора олигонуклеотидов для 10 генов систем токсин-антитоксин, представленных в табл. 2 описания, причем ПЦР продукты анализируют в агарозном геле, размер полученного фрагмента определяют с помощью ДНК-маркера, затем выделяют целевые фрагменты из ПЦР-смеси или агарозного геля и секвенируют их с целью обнаружения соответствующих полиморфизмов; исследуемый штамм относится к генотипу Beijing в случае выявления полиморфизмов: А46®G46 при секвенировании фрагмента, наработанного при использовании олигонуклеотидов Rv2103cN-Rv2103cC, C363®T363 при использовании олигонуклеотидов Rv1956N-Rv1956C, Т143®С143 при использовании олигонуклеотидов Rv2494N-Rv2494C; исследуемый штамм относится к генотипу EAI в случае выявления полиморфизмов: С267®G267 и А268®G268 при секвенировании фрагмента, наработанного при использовании олигонуклеотидов Rv0749N-Rv0749C и G192®A192 при использовании олигонуклеотидов Rv2595N-Rv2595C; исследуемый штамм относится к генотипу Ural в случае выявления полиморфизма С394®Т394 при секвенировании фрагмента, наработанного при использовании олигонуклеотидов Rv1397N-Rv1397C; исследуемый штамм относится к генотипу LAM9 в случае выявления полиморфизма G3®A3 при секвенировании фрагмента, наработанного при использовании олигонуклеотидов Rv2274N-Rv2274C; исследуемый штамм относится к генотипу F15/LAM4/KZN в случае выявления полиморфизма C168®T168 при секвенировании фрагмента, наработанного при использовании олигонуклеотидов Rv2494N-Rv2494C и C140®A140 при использовании олигонуклеотидов Rv1740N-Rv1740C; исследуемый штамм относится к генотипу SMI-049 в случае выявления полиморфизма G213®C213 при секвенировании фрагмента, наработанного при использовании олигонуклеотидов Rv2526N-Rv2526C; исследуемый штамм относится к генотипу Haarlem в случае выявления полиморфизма G197®С197 при секвенировании фрагмента, наработанного при использовании олигонуклеотидов Rv2494N-Rv2494C; исследуемый штамм относится к генотипу Т в случае выявления полиморфизма Т137®С137 при секвенировании фрагмента, наработанного при использовании олигонуклеотидов Rv3408-Rv3408C; исследуемый штамм относится к генотипу LAM в случае выявления наличия Т137 в сочетании с отсутствием полиморфизмов по остальным генам при секвенировании фрагмента, наработанного при использовании олигонуклеотидов Rv3408-Rv3408C.


наверх