Бюллетень ЕАПВ "Изобретения (евразийские заявки и патенты)"
Бюллетень 09´2013

  

(11) 

018597 (13) B1       Разделы: A B C D E F G H    

(21) 

201070738

(22) 

2008.12.15

(51) 

G01N 33/53 (2006.01)
G01N 33/574
(2006.01)

(31) 

07301680.0

(32) 

2007.12.14

(33) 

EP

(43) 

2011.04.29

(86) 

PCT/IB2008/003836

(87) 

WO 2009/077864 2009.06.25

(71) 

(73) ТРАНСМЕДИ СА (FR)

(72) 

Биэн Бернар, Ожье Виржини, Брюлльяр Мари (FR)

(74) 

Медведев В.Н. (RU)

(54) 

КОМПОЗИЦИИ И СПОСОБЫ ДЕТЕКЦИИ TIAB

(57) 1. Способ определения наличия злокачественной опухоли у индивидуума, предусматривающий приведение в контакт in vitro образца, взятого у указанного индивидуума, с полипептидом, содержащим последовательность аберрантного белкового домена, образованного в результате неправильной транскрипции, при этом образование комплекса между указанным полипептидом и антителом (TIAB) или TCR-несущей клеткой, присутствующими в указанном образце, указывает на наличие злокачественной опухоли.

2. Способ по п.1, в котором уровень указанного TIAB или иммунных клеток в указанном образце сравним с эталонным значением, а отклонение от указанного эталонного значения является показателем наличия злокачественной опухоли.

3. Способ по п.2, в котором указанное отклонение от указанного эталонного значения составляет 10, 20, 30, 40, 50% или более.

4. Способ по любому из пп.1-3, в котором указанный полипептид содержит последовательность, выбранную из последовательностей SEQ ID NO:1-3334 или их эпитопсодержащих фрагментов.

5. Способ по п.4, в котором указанный полипептид содержит последовательность любого из 45 полипептидов РАР табл. 5.

6. Способ по п.4 или 5, в котором увеличение указанного уровня TIAB или иммунных клеток в указанном образце по сравнению с эталонным уровнем является показателем наличия злокачественной опухоли.

7. Способ по любому из пп.1-6, в котором указанной злокачественной опухолью является солидная опухоль или жидкая опухоль, предпочтительно рак толстой кишки, рак легкого, рак молочной железы, рак яичника, рак матки, рак головы и шеи или меланома.

8. Способ по любому из пп.1-7, в котором указанной злокачественной опухолью является рак легкого, а указанный полипептид содержит последовательность, выбранную из SEQ ID NO:1, 2, 4, 6, 7, 1413, 581, 1457, 1769, 1270, 1276, 1396, 80, 1810, 1864, 847, 2119 или 1451 или их эпитопсодержащих фрагментов, в частности, из РАР 1, 2, 4, 6, 7, 24, 25, 28, 29, 44, 48, 66, 70, 68, 69, 74, 94, 82, как представлено в табл. 5.

9. Способ по любому из пп.1-8, в котором указанная стадия приведения в контакт предусматривает приведение указанного образца в контакт одновременно с несколькими полипептидами, предпочтительно с 2-10 полипептидами, содержащими последовательность отличного от других аберрантного белкового домена, образованного в результате неправильной транскрипции.

10. Способ определения физиологического состояния индивидуума, предусматривающий стадию определения наличия или уровня антител, специфичных в отношении аберрантных белковых доменов, образованных в результате неправильной транскрипции (TIAB), или TCR-несущих иммунных клеток, которые связываются с такими доменами в образце, взятом из организма указанного индивидуума, при этом модифицированный уровень указанного TIAB или иммунных клеток в указанном образце по сравнению с эталонным значением является показателем физиологического расстройства.

11. Способ определения эффективности лечения злокачественной опухоли, предусматривающий (i) определение уровня по меньшей мере одного полипептида, содержащего последовательность аберрантного белкового домена, образованного в результате неправильной транскрипции, или уровня TIAB или соответствующих TCR-несущих клеток, в образце, взятом из организма индивидуума, и (ii) сравнение указанного уровня с уровнем в образце, взятом из организма указанного индивидуума, до лечения или на ранней стадии лечения.

12. Способ мониторинга прогрессирования или распространения злокачественной опухоли у индивидуума, предусматривающий (i) приведение в контакт образца, взятого из организма указанного индивидуума, и по меньшей мере одного полипептида, содержащего последовательность аберрантного белкового домена, образованного в результате неправильной транскрипции, (ii) определение уровня TIAB или соответствующих TCR-несущих клеток в указанном образце и (iii) сравнение указанного уровня с эталонным уровнем, при этом отклонение от указанного эталонного уровня указывает на прогрессирование или распространение злокачественной опухоли.

13. Способ по любому из пп.11, 12, в котором указанный полипептид содержит последовательность, выбранную из последовательностей SEQ ID NO:1-3334 или их эпитопсодержащих фрагментов.

14. Способ по п.12, в котором указанный полипептид содержит последовательность любого из 45 полипептидов РАР, приведенных в табл. 5.

15. Способ по п.12 или 13, в котором указанная стадия приведения в контакт предусматривает приведение в контакт указанного образца одновременно с несколькими из указанных полипептидов, предпочтительно с 2-10 полипептидами.

16. Способ определения экспрессии аберрантного полипептида, содержащего последовательность, выбранную из группы, состоящей из последовательностей SEQ ID NO:1-3334, у индивида, предусматривающий приведение в контакт образца, взятого из организма указанного индивида, и вещества, указывающего на наличие указанного полипептида, и определение того, связывается ли указанное вещество с указанным образцом.

17. Способ по п.16, в котором указанное вещество является полипептидом, который связывается с антителом, которое специфически связывается с полипептидом, содержащим последовательность, выбранную из группы, состоящей из последовательностей SEQ ID NO:1-3334.

18. Способ по п.16, в котором указанное вещество является полипептидом, который связывается с иммунной клеткой, содержащей TCR, специфичный в отношении полипептида, содержащего последовательность, выбранную из группы, состоящей из последовательностей SEQ ID NO:1-3334.

19. Способ по п.16, в котором указанное вещество является антителом или его частью, которое специфически связывается с полипептидом, содержащим последовательность, выбранную из группы, состоящей из последовательностей SEQ ID NO:1-3334.

20. Способ по п.16, в котором указанное вещество является иммунной клеткой, содержащей TCR, специфичный в отношении полипептида, содержащего последовательность, выбранную из группы, состоящей из последовательностей SEQ ID NO:1-3334.

21. Способ по любому из пп.1-18, в котором указанный полипептид иммобилизован на подложке.

22. Способ определения характеристик, скрининга или оптимизации биологически активного соединения, предусматривающий приведение в контакт in vitro тестируемого соединения и гена и определение способности указанного тестируемого соединения модулировать продукцию с указанного гена молекул РНК, содержащих пробелы, образующиеся в результате неправильной транскрипции.

23. Способ получения пептида, характерного для процесса неправильной транскрипции, предусматривающий:

a) идентификацию белкового домена, образованного в результате неправильной транскрипции пробела;

b) синтез пептида, содержащего последовательность белкового домена, указанного в подпункте а); и

c) необязательную проверку в биологической пробе, взятой из организма млекопитающего, связывается ли указанный пептид с антителом.

24. Полипептид, содержащий последовательность, выбранную из последовательностей SEQ ID NO:1-3334 или их эпитопсодержащих фрагментов.

25. Выделенный полинуклеотид, кодирующий полипептид по п.24.

26. Выделенный полинуклеотид по п.25, где указанный полинуклеотид является меченым.

27. Выделенная нуклеиновая кислота, содержащая первую нуклеотидную последовательность, кодирующую полипептид, выбранный из группы, состоящей из последовательностей SEQ ID NO:1-3334 или комплементарных им последовательностей, и вторую нуклеотидную последовательность из 100 или менее нуклеотидов в длину, где указанная вторая нуклеотидная последовательность в природной нуклеиновой кислоте примыкает к указанной первой нуклеотидной последовательности.

28. Клонирующий или экспрессирующий вектор, содержащий полинуклеотид по п.25 или 27.

29. Клетка, трансформированная или трансфицированная вектором по п.28.

30. Выделенное антитело или часть антитела, которое специфически связывается с полипептидом, выбранным из группы, состоящей из последовательностей SEQ ID NO:1-3334.

31. Выделенная клетка, которая специфически связывается с полипептидом, выбранным из группы, состоящей из последовательностей SEQ ID NO:1-3334.

32. Выделенная клетка по п.31, где указанная клетка является иммунной клеткой, содержащей TCR, специфичный в отношении указанного полипептида, выбранного из группы, состоящей из последовательностей SEQ ID NO:1-3334.

33. Твердая подложка, содержащая по меньшей мере один иммобилизованный полипептид, содержащий последовательность, выбранную из последовательностей SEQ ID NO:1-3334 или их эпитопсодержащего фрагмента, или по меньшей мере одно иммобилизованное антитело или часть антитела, которое специфически связывается с полипептидом, выбранным из группы, состоящей из последовательностей SEQ ID NO:1-3334.

34. Набор, содержащий по меньшей мере продукт по п.33 и реагент для проведения иммунной реакции.


наверх