Бюллетень ЕАПВ "Изобретения (евразийские заявки и евразийские патенты)"
Бюллетень 2´2007

  

(11)

008388 (13) B1       Разделы: A B C D E F G H   

(21)

200401207

(22)

2003.03.10

(51)

C12Q 1/70 (2006.01)

(31)

P0200981

(32)

2002.03.14

(33)

HU

(43)

2005.06.30

(86)

PCT/HU2003/000020

(87)

WO 2003/076667 2003.09.18

(71)(73)

ДЖЕНОЙД КФТ (HU)

(72)

Женей Ксаба, Такац Тибор (HU)

(74)

Нилова М.И. (RU)

(54)

СПОСОБ ОБНАРУЖЕНИЯ И ОПРЕДЕЛЕНИЯ ТИПА ПАПИЛЛОМАВИРУСА ЧЕЛОВЕКА С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ АМПЛИФИКАЦИИ-ГИБРИДИЗАЦИИ

(57) 1. Консенсусные праймеры для гена L1 папилломавируса человека (ПВЧ), которые содержат одну из следующих нуклеотидных последовательностей: SEQ ID NO: 37-40 или SEQ ID NO: 70-72.

2. Специфичные по типу вируса праймеры для гена L1 папилломавируса человека (ПВЧ), которые содержат одну из следующих нуклеотидных последовательностей: SEQ ID NO: 1-36.

3. Амплификационная смесь праймеров, которая состоит из L1C1, L1C2 или neewL1С2праймеров (SEQ ID NOS: 73-75): SEQ ID NOS: 37-40 и SEQ ID NO: 35 и возможно дополнительно содержит один или несколько праймеров, которые выбраны из группы, включающей SEQ ID NOS: 70-72, SEQ ID NOS: 1-34 и 36.

4. Применение смеси праймеров по п.3 для амплификации следующих вариантов генотипа папиллома­вируса человека: 3, 4, 6, 7, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 16, 18, 20, 24, 26, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 39, 39, 40, 41, 42, 44, 45, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 58, 49, 60, 61, 66, 67, 68, 72, 74 или 77.

5. Ампликон, который может быть получен путем амплификации с применением смеси праймеров по п.3, за исключением ампликонов папилломавируса человека следующих типов: HPV-6, -11, -16, -18, -31, -33,
-42, -52, и -58.

6. Ампликон по п.5, отличающийся тем, что его нуклеотидная последовательность содержит одну из следующих последовательностей: SEQ ID NO: 112-120.

7. Геномная область ампликонов следующих вариантов генотипа ПВЧ: 3, 4, 6, 7, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 16, 18, 20, 24, 26, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 39, 39, 40, 41, 42, 44, 45, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 58, 49, 60, 61, 66, 67, 68, 72, 74 или 77, отличающаяся тем, что представляет собой характерный участок данных ампликонов, полученный путем амплификации с использованием смеси праймеров по п.3, причем данный геномный участок представляет собой вариабельный участок генома, характерный для индивидуальных вариантов генотипа ПВЧ и содержит одну из следующих последовательностей: SEQ ID NO 77, 79, 81, 83, 85, 87, 89, 91, 93, 95, 97, 99, 101, 103, 105, 107, 109, 111.

8. Геномная область ампликона, полученная путем специфичной амплификации с использованием смеси праймеров по п.3, которая представляет собой консенсусный участок генома ПВЧ и имеет одну из следующих последовательностей: SEQ ID NO: 76, 78, 80, 82, 84, 86, 88, 90, 92, 94, 96, 98, 100, 102, 104, 106, 108, 110.

9. Гибридизационный зонд, который является генотип-специфичным для ПВЧ и гибридизуется с одной из последовательностей по п.7 и содержит одну из следующих последовательностей: SEQ ID NO: 50-67.

10. Гибридизационный зонд или праймер, который является консенсусным зондом или праймером для ПВЧ и гибридизуется с одной из последовательностей по п.8 и имеет одну из следующих последовательностей: SEQ ID NO: 41-49.

11. Гибридизационный зонд по п.9 или 10, отличающийся тем, что представляет собой молекулу ДНК, РНК или PNA.

12. Способ обнаружения одного или нескольких вариантов генотипа ПВЧ из биологических образцов, который включает следующие стадии:

а) получение одного или нескольких ампликонов при использовании смеси праймеров по п.3 и выделенных из биологического образца молекул нуклеиновых кислот и

b1) гибридизацию ампликона полученного согласно (а) в строгих условиях с гибридизационным зондом, специфичным по роду ПВЧ; и/или

b2) гибридизацию ампликона, полученного согласно (а) в строгих условиях с гибридизационным зондом, специфичным по варианту генотипа ПВЧ.

13. Способ по п.12, отличающийся тем, что указанный гибридизационный зонд, специфичный по роду ПВЧ, представляет собой зонд по п.10.

14. Способ по п.12, отличающийся тем, что указанный гибридизационный зонд, специфичный по варианту генотипа ПВЧ, представляет собой зонд по п.9.

15. Способ по любому из пп.12-14, отличающийся тем, что детектируют группы генотипов ПВЧ, относящихся к низкой или высокой степени риска.

16. Способ по любому из пп.12-15, отличающийся тем, что дополнительно включает стадию обнаружения синтетического нуклеотида, используемого в качестве внутреннего контроля.

17. Способ по п.16, отличающийся тем, что в качестве внутреннего контроля используют последовательность SEQ ID NO: 68, а при ее обнаружении в качестве гибридизационного зонда используют последовательность SEQ ID NO: 69.

18. Набор реактивов для обнаружения и типирования ПВЧ, который содержит:

i) праймеры согласно п.1 или 2 и/или смесь праймеров по п.3;

ii) праймер для внутреннего контроля (если необходимо);

iii) гибридизационные зонды согласно п.9 или 10;

iv) гибридизационные зонды для обнаружения внутреннего контроля (если необходимо).


наверх